أُنشئت الأمانة العامة بموجب أحكام المادة (7) من قانون التخطيط العمراني والتصرف في الأراضي لسنة 1994. ويتكون الهيكل التنظيمي الإداري للأمانة العامة للمجلس من الوحدات التالية:

1/ الأمين العام.

2/ إدارة التخطيط العمراني والأراضي والإسكان.

3/  إدارة المستوطنات البشرية والتنسيق والاتصال.

4/ إدارة التعمير والرقابة العمرانية.

5/ إدارة الموارد المالية والبشرية.

الوحدات التابعة لمكتب الأمين العام:

1/ وحدة الحوسبة ونظم المعلومات.

2/ وحدة المكتب التنفيذي / سكرتارية.

3/ وحدة العلاقات العامة والإعلام.

4/ وحدة التطوير الإداري والجودة.

5/ وحدة الإدارة القانونية.

6/ وحدة التدقيق الداخلي.